Le 3 ventôse de l’An III du calendrier révolutionnaire (21 février 1795 du calendrier grégorien) un décret avait posé la séparation des Eglises et de l’Etat, sur proposition de Boissy d’Anglas. Napoléon Bonaparte, devenu Premier Consul, lance une série de tractations avec le pape Pie VII. Le résultat final sera la Loi du 18 germinal An X (8 avril 1802) relative à l’organisation des cultes (catholique et protestants). Le culte israélite sera organisé par un décret du 17 mars 1808. C’est cet ensemble législatif complexe qu’on appelle le « concordat ».

Un Ministère des cultes est créé en 1804. Supprimé en 1814, il sera remplacé par des instances rattachées à divers ministères. Il existe donc un budget des cultes. Les débats parlementaires annuels dont il est l’objet sont révélateurs des tensions croissantes entre le catholicisme conservateur et la bourgeoisie républicaine. Le Rapport de Paul Bert en 1883 est significatif : le « concordat » est encore considéré comme un moyen de contrôle d’une Eglise qui se pose en ennemi politique. Ce fut longtemps la position d’Emile Combes alors qu’il menait tambour battant l’expulsion des congrégations. Toute l’action républicaine en faveur de la laïcisation de l’école , de 1880 à 1886, sera menée alors que le « concordat » est toujours en vigueur. Pourtant Combes lui-même changera d’opinion. La séparation finira par s’imposer comme seule solution.